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Approches moléculaires pour comprendre la transmission et l’attribution des sources dans la salmonellose non-thyroïdienne et leur application en Afrique

La salmonellose non nyphoïde est une cause fréquente de diarrhée dans le monde, mais dans de nombreux pays africains, elle est plus souvent associée à une maladie bactérienne invasive. Divers modèles d’attribution de sources utilisent des données de sous-typage microbien pour attribuer des cas d’infection humaine aux différentes populations animales. Les avancées dans les approches de sous-typage microbien moléculaire, en particulier le séquençage du génome entier, fournissent des données à plus haute résolution pour étudier ces sources. Dans cette revue, nous fournissons des mises à jour sur les modèles d’attribution de source pour Salmonella. données de séquençage du génome entier combinées à la modélisation évolutive pour étudier les sources putatives et les voies de transmission des SNT, en mettant l’accent sur l’épidémiologie des SNT en Afrique. Cette information est essentielle pour décider où, quoi et comment les stratégies de contrôle pourraient être appliquées le plus efficacement.

Salmonella non syphoïdal, séquençage du génome entier, attribution de la source, Afrique, bactériémieNonyphoidal Salmonella NTS, qui comprend tous les sérotypes de Salmonella enterica sauf Typhi, Paratyphi A, Paratyphi B et Paratyphi C, est une cause fréquente de bactériémie dans le monde entier, en particulier en Afrique. Le fardeau global de la maladie est estimé à un million de cas par an La majorité des infections NST humaines dans les pays industrialisés provoquent des entérocolites et passent par la chaîne alimentaire Source d’attribution, où les cas humains sont divisés en réservoirs animaux et en nourriture. sources apparentées , a été largement utilisé comme outil de priorisation des interventions Les données épidémiologiques et microbiologiques ont été utilisées dans les modèles d’attribution des sources; Les approches d’attribution de sources les plus courantes utilisent des données de sous-typage microbien, en comparant les identités et les fréquences des sous-types trouvés dans les sources humaines et autres. Il existe de nombreuses méthodes différentes de sous-typage microbien. L’application de MLST, par exemple, a permis l’identification d’un variant particulier de Salmonella Typhimurium, type de séquence ST, comme l’une des causes les plus fréquentes de résistance aux antimicrobiens. du NTS invasif en Afrique subsaharienne, rarement vu en dehors de cette région Barco et al ont passé en revue les avantages et les inconvénients de chacune de ces méthodes de sous-typage, et leur application à l’attribution des sources de Salmonella. -Génome de séquençage WGS fournit la meilleure résolution pour microb sous-typage ial; les informations supplémentaires fournies ont conduit au développement de nouveaux outils analytiques pour étudier l’évolution et la dissémination des bactéries et identifier les sources et les voies de transmission des agents pathogènes bactériens, y compris NTS. Le coût des WGS, en particulier pour les bactéries, diminue et devient plus réalisable pour un très grand nombre d’échantillons, nous nous concentrons sur cette méthode de sous-typage

Figure Vue largeTéléchargement Diagramme Représentation schématique des méthodes d’attribution des sources non salmonaires de Salmonella NTS discutées dans cette revue Les méthodes de la colonne de gauche ne modélisent pas explicitement le lien entre les isolats humains et animaux, contrairement aux méthodes à droite. les méthodes d’attribution des sources NTS dans lesquelles elles ont été utilisées Les méthodes comparatives impliquent une comparaison visuelle directe entre les types d’isolats humains H et les types d’isolats dérivés des sources putatives A, B, … Les méthodes Dutch / Hald comparent quantitativement les distributions des types d’isolats obtenus Les méthodes phylogénétiques non structurées utilisent des génotypes pour produire un dendrogramme dont la forme est utilisée pour évaluer qualitativement les sources potentielles. Approches phylogénétiques structurées Les méthodes phylogénétiques non structurées utilisent des génotypes pour produire un dendrogramme. Jointl y déduire à la fois la relation phylogénétique des isolats génotypés et l’historique de transmission des données échantillonnées, permettant une évaluation quantitative des sources potentielles. Abréviations: AI, île asymétrique; AR, résistance aux antimicrobiens; MLST, typage de séquence multilocus; MLVA, analyse par répétition en tandem à nombre variable de nombres multiples; PFGE, électrophorèse sur gel à champ pulsé; SA, attribution de la source; WGS, séquençage du génome entierFigure View largeTélécharger diapositive Représentation schématique des méthodes d’attribution des sources non salmonaires de Salmonella NTS discutées dans cette revue Les méthodes de la colonne de gauche ne modélisent pas explicitement le lien entre les isolats humains et animaux, contrairement aux méthodes à droite. Les méthodes comparatives impliquent une comparaison visuelle directe entre les types d’isolats humains H et les types d’isolats dérivés des sources putatives A, B, … Les méthodes Dutch / Hald comparent quantitativement les distributions des types d’isolats obtenus à partir de sources putatives avec ceux obtenus de l’homme La méthode des îlots asymétriques est une approche de génétique de population qui permet le mouvement de NTS entre les sources putatives Les méthodes phylogénétiques non structurées utilisent des génotypes pour produire un dendrogramme dont la forme sert à évaluer qualitativement sources potentielles Ph structuré Les approches ylogénétiques déduisent conjointement la relation phylogénétique des isolats génotypés et l’historique de transmission des données échantillonnées, ce qui permet une évaluation quantitative des sources potentielles. Abréviations: AI, île asymétrique; AR, résistance aux antimicrobiens; MLST, typage de séquence multilocus; MLVA, analyse par répétition en tandem à nombre variable de nombres multiples; PFGE, électrophorèse sur gel à champ pulsé; SA, attribution de la source; WGS, séquençage du génome entierTout d’abord, nous examinons les différents modèles d’attribution de source qui ont été développés et appliqués à NTS Seconde, nous couvrons des études qui ont utilisé des approches moléculaires non-WGS pour examiner l’attribution de sources multi-hôtes de NTS en Afrique. de WGS pour étudier l’attribution des sources, en mettant l’accent sur le SNRC en Afrique

MODÈLES D’ATTRIBUTION DE SOURCE UTILISANT DES DONNÉES DE SOUS-TYPE MICROBIEN

Nous examinons ici les méthodes appliquées aux données de sous-typage NTS où la distribution des sous-types isolés d’échantillons cliniques humains est comparée à celle des échantillons fécaux animaux et des produits alimentaires. Ces modèles fournissent des estimations du nombre de cas humains attribuables à chaque «source» habituellement définie. comme un réservoir animal ou un produit alimentaire, mais ne considèrent pas la transmission interhumaine Pour des examens plus détaillés de ces méthodes, voir Un modèle bayésien a été développé par Hald et al pour estimer la contribution de différentes sources alimentaires Le modèle de Hald est similaire au «modèle hollandais» , qui utilise une approche fréquentiste pour attribuer la contribution relative de différentes sources en comparant la fréquence de l’activité humaine. cas causés par différents types de SNT avec leur prévalence relative dans les réservoirs animaux et les produits alimentaires Le modèle original de Hald et une version modifiée f le modèle néerlandais inclut les poids pour la quantité de nourriture consommée et fournit des estimations du nombre de cas NTS attribuables, par exemple, aux œufs, aux poulets de chair, au porc et à la viande bovine. Les versions modifiées du modèle Hald ont amélioré les performances et la robustesse, par exemple , ce qui permet de l’appliquer à d’autres modèles. Plus récemment, un autre modèle d’attribution de source, le modèle d’île asymétrique , a été appliqué au génotype NTS à l’aide de l’analyse par répétition en tandem multilocus MLVA . aux modèles hollandais et Hald, le modèle AI explore l’histoire évolutive de l’ensemble des isolats humains et sources et, parce qu’il est basé sur différentes hypothèses sous-jacentes aux modèles néerlandais et Hald, il peut être nous Dans un développement ultérieur, les modèles AI et néerlandais modifiés ont été utilisés pour affiner les études de cas-témoins en assignant des cas à des sources putatives avant de modéliser la contribution relative des facteurs de risque à chacun des cas. Ces études fournissent un plus grand pouvoir d’identifier la contribution de facteurs de risque plus précisément définis, tels que la consommation d’œufs crus ou mal cuits, par exemple, Ces modèles sont applicables à toute manifestation de la maladie, et pourraient être appliqués à NTS en Afrique; les cas peuvent être analysés séparément selon qu’ils sont diarrhéiques ou invasifs, ou pris en compte dans une analyse combinée pour évaluer si les voies de transmission ou les sources diffèrent en fonction du résultat de la maladie. L’étude cas-témoin assignée à la source peut être utile facteurs de risque définis pour les sous-ensembles de résultats, et présente l’avantage que les sources, les voies et les facteurs de risque, ce dernier englobant les modes de transmission, peuvent être considérés ensemble

APPROCHES MOLÉCULAIRES NON-WGS POUR L’ATTRIBUTION DE SOURCE D’ESPÈCES MULTI-HÔTES DANS L’ENSEMBLE DE L’AFRIQUE

Les modèles d’attribution des sources tels que décrits ci-dessus n’ont pas encore été appliqués à NTS en Afrique, mais un certain nombre d’études utilisant des techniques moléculaires autres que WGS, principalement PFGE ou MLST, ont examiné le rôle des réservoirs animaux. Dans ces études, les dendrogrammes démontrent la similarité génétique. des isolats ont été construits en utilisant diverses méthodes pour grouper les motifs PFGE ou les séquences d’allèles MLST concaténées

Tableau Études utilisant la séquence génomique non entière Méthodes moléculaires pour l’examen de la salmonellose non-typhoïde chez les populations multi-hôtes en Afrique Population étudiée Nombre d’isolats Pays Méthode moléculaire utilisée Conclusions Humains, animaux domestiques Gambie MLST Aucune relation entre les génotypes humains et les animaux associés Dione et al. ] Humains, animaux / environnement / nourriture Kenya Typage plasmidique, PFGE Aucune parenté significative entre les salmonelles des humains et des animaux, l’environnement, la nourriture; Kariuki et al Humains, animaux / environnement / nourriture Kenya Typage des plasmides, PFGE Plus grande similitude des salmonelles entre les cas pédiatriques et les membres de leur famille qu’avec ceux des animaux, environnement, nourriture Kariuki et al Humains, animaux Burkina Faso PFGE Isolats de Salmonella Typhimurium provenant de la volaille n = et de l’homme n = groupés selon les patrons PFGE; Quelques groupements d’isolats d’animaux domestiques et de hérissons Kagambega et al Humains, animaux sauvages captifs Afrique du Sud PFGE Similitudes entre isolats de Salmonella Enteritidis provenant d’humains et d’animaux sauvages captifs Smith et al Population Nombre d’isolats Pays Méthode Moléculaire Dione et al Humains, animaux / environnement / nourriture Kenya Typage plasmidique, PFGE Aucune parenté significative entre les salmonelles des humains et des animaux, l’environnement, les aliments; Kariuki et al Humains, animaux / environnement / nourriture Kenya Typage des plasmides, PFGE Plus grande similitude des salmonelles entre les cas pédiatriques et les membres de leur famille qu’avec ceux des animaux, environnement, nourriture Kariuki et al Humains, animaux Burkina Faso PFGE Isolats de Salmonella Typhimurium provenant de la volaille n = et de l’homme n = groupés selon les patrons PFGE; un regroupement d’isolats d’animaux domestiques et de hérissons Kagambega et al Humains, animaux sauvages captifs Afrique du Sud PFGE Similitudes entre isolats de Salmonella Enteritidis provenant d’humains et d’animaux sauvages captifs Smith et al Abréviations: MDR, multirésistante; MLST, typage de séquence multilocus; À l’exception d’une étude , l’observation prédominante de ces études est que les salmonelles trouvées chez les humains étaient différentes de celles trouvées chez les animaux, bien que le nombre d’isolats examinés était généralement faible. n’excluent pas les animaux comme réservoir d’infections NTS humaines Dans l’étude comparant Salmonella Enteritidis des humains et des animaux sauvages captifs, la similarité des isolats a été suggérée comme étant due à une composante alimentaire commune de la viande de volaille Parsons et al que Salmonella Typhimurium ST, décrite comme étant adaptée aux humains , peut infecter les poulets et causer des maladies invasives. Par conséquent, il existe un potentiel pour un animal non reconnu, potentiellement de la volaille, réservoir de NTS

WGS ET ATTRIBUTION DE SOURCE

Dans cette section, nous décrivons diverses techniques appliquées aux données WGS dans la poursuite de l’attribution des sources. Le cas échéant, nous nous concentrons sur des exemples où ces techniques ont été appliquées aux données WGS de NTS en Afrique Dans le contexte de la maladie NTS en Afrique, la population humaine est considérée comme une plus grande source de NTS que n’importe quel réservoir animal , et par conséquent, dans cette revue, nous étendons la portée de l’attribution de source pour inclure la contribution de la transmission interhumaine et le rôle de la localisation géographique

Génomique comparative

La génomique comparative est une approche dans laquelle les assemblages WGS de différents organismes sont directement comparés. Cela peut inclure l’identification de gènes ou d’éléments génétiques présents, absents ou réarrangés entre les génomes, et une comparaison du nombre de gènes et de la taille du génome. l’histoire de la bactérie peut être faite Cependant, il y a toujours un risque que les génomes particuliers comparés ne soient pas représentatifs de l’espèce ou du sous-type d’intérêt. Cette approche s’est avérée utile pour identifier les éléments génétiques dans le SNRC. En comparant les génomes d’un généraliste hôte, Salmonella Enteritidis, et des spécialistes hôtes, des oiseaux Salmonella Gallinarum et des bovins Salmonella Dublin, Langridge et al ont identifié que la spécialisation croissante de l’hôte était associée à la dégradation des gènes, particulièrement dans les voies métaboliques Ces modèles peuvent aider à identifier d’autres sérotypes dans le cadre du processus de spécialisation de l’hôte, et des modèles particuliers de dégradation des gènes peuvent aider à déterminer les sources d’approvisionnement en identifiant les populations potentielles des réservoirs

Inférence par phylogénie

Une utilisation courante des données WGS est dans l’estimation des chaînes de transmission, souvent évaluées à travers l’inspection d’un arbre phylogénétique, générée à partir des informations SNP sur le polymorphisme mononucléotidique et la distance génétique entre isolats. Différentes méthodes de Approche visuelle du degré auquel les isolats provenant de différents groupes de milieux peuvent aider à déduire les sources et la transmission L’utilité de cette approche a été démontrée par l’investigation d’une éclosion de Salmonella Heidelberg aux États-Unis impliquant dinde hachée contaminée ; l’arbre phylogénétique a montré que les isolats d’éclosion étaient plus semblables les uns aux autres qu’aux isolats non isolés, même s’ils se groupaient plus étroitement avec les isolats non isolés selon le profil PFGE et le profil AMR Ainsi, la résolution plus fine des données SNP fournissait une indication plus précise des isolats Relation épidémiologique aux autres méthodes de typageImportant, même si les voies de transmission directes sont présentes, sans plus d’informations, il est difficile de déterminer la direction de la transmission – le regroupement d’isolats similaires d’origines différentes n’est pas suffisant pour attribuer la source. des données épidémiologiques informatives ont été développées, par exemple, , ce qui peut permettre une inférence plus robuste

Reconstruction de l’État ancestral

Les données WGS ont également été utilisées pour évaluer la transmission historique, en examinant l’histoire évolutive complète d’un organisme. La reconstruction de l’état ancestral, qui peut être réalisée par des approches parcimonieuses ou probabilistes, implique l’attribution d’un état de caractère aux organismes ancestraux dans un arbre phylogénétique. , représenté par les nœuds internes et les branches Ce caractère peut représenter la localisation géographique, le type d’hôte, l’issue de la maladie, ou tout autre état susceptible de partitionner la population pathogène alors que les méthodes de parcimonie visent à minimiser le nombre de changements d’état. les approches permettent l’incorporation de différents modèles d’évolution Beaucoup de ces modèles supposent que les échantillons sont collectés aléatoirement à partir de la métapopulation pathogène sans tenir compte de la valeur de l’état du caractère. Les violations de cette hypothèse pourraient conduire à des inférences incorrectes sur l’état du type. arbre, et peut donc biaiser la transmission et la Les méthodes alternatives basées sur la coalescence structurée, par exemple, ne reposent pas sur cette hypothèse, et fournissent en plus des estimations des tailles de populations pathogènes efficaces spécifiques à l’hôte Des méthodes basées sur la vraisemblance sont également capables de tirer des inférences directes sur des paramètres épidémiologiques importants tels que R Une approche a consisté à appliquer des modèles discrets de diffusion phylogénétique dans un cadre bayésien échelonné dans le temps, permettant la reconstruction d’états ancestraux intégrant divers modèles de changement de taille de la population et des horloges évolutives. Pour reconstruire les états ancestraux de la population hôte dans l’arbre et calculer les sauts de Markov, qui fournissent des estimations des événements de transmission non observés, relativement peu de transmissions interspécifiques ont été réalisées. identifié dans ce contexte Markov les récompenses, qui évaluent le temps passé par le modèle dans chaque état hôte, peuvent être utilisées pour déduire quelles populations peuvent agir comme sources et qui peuvent agir comme puits, c’est-à-dire recevoir l’immigration de l’organisme d’intérêt de la population source. étude , les récompenses markoviennes indiquaient que le modèle passait significativement plus de temps dans l’état humain, suggérant que la population animale locale était peu susceptible d’être la principale source de DT pour les humains

Attribution des sources WGS et NTS dans un contexte africain

Les exemples d’attribution de sources et de WGS décrits ci-dessus ont été menés principalement dans les pays industrialisés. Les exemples de WGS dans un contexte NTS africain sont peu nombreux mais, lorsqu’ils ont été appliqués, ils ont fourni de solides informations sur l’épidémiologie des SNT dans cette région.

Génomique comparative

Cette approche a permis de comprendre comment le SNRC en Afrique a évolué et s’est adapté Bien que Salmonella Typhimurium ait en général une large gamme d’hôtes et cause l’entérocolite, il existe plusieurs sous-types qui sont plus restreints aux hôtes En Afrique sub-saharienne La recherche détaillée sur les génomes du variant ST a indiqué une signature génomique de l’adaptation de l’hôte similaire à celle observée chez Salmonella Typhi, Salmonella Paratyphi et Salmonella Gallinarum Ceci est mis en évidence par chromosome dégradation en termes de nombre accru de pseudogènes et de délétions Ce schéma d’adaptation de l’hôte, et l’absence de ST chez les hôtes non humains, suggère que la transmission interhumaine est la voie prédominante pour ce pathogène

Inférence par phylogénie

Cette approche a été appliquée pour examiner le SNT provenant d’adultes et d’enfants infectés et non infectés par le VIH au Malawi , où un manque de regroupement selon l’âge ou le statut VIH suggérait que les patients avaient acquis leur NTS à partir d’une source commune, et Dans une étude sur les salmonelles invasives de Salmonella Bovismorbificans de la même région , des souches de cet organisme avec des génomes hautement conservés ont pu être trouvées dans les cas de bactériémie du Malawi et également dans des isolats d’animaux aux États-Unis. Royaume, malgré les cas humains et animaux séparés par & gt; des décennies et des continents différents Ceci illustre davantage que la similitude des organismes infectant différentes populations d’hôtes n’indique pas nécessairement un lien de causalité entre eux

Reconstruction de l’État ancestral

Cette méthode a été utilisée d’une certaine manière en termes de géographie, représentant probablement la transmission interhumaine, en étudiant les origines du clone invasif prédominant en Afrique subsaharienne, Salmonella Typhimurium ST Okoro et al. que la majorité de ces cas ont été causés par des lignées génétiques distinctes apparues relativement récemment et associées temporellement à l’épidémie de VIH. En appliquant un modèle discret de diffusion phylogénétique à des isolats de différents pays subsahariens, les auteurs ont proposé l’origine ancestrale les lignées comme le Malawi et, pour la deuxième lignée, la République Démocratique du Congo De nombreuses transmissions estimées entre pays pour les deux lignées ont également été estimées, suivies d’une expansion locale Cette étude a confirmé une épidémie dans cette région avec la plus grande résolution de WGS permettant à ce ST d’être séparé en lignées avec différents évolutionnaire son tories; l’identification des voies de transmission peut aider à éclairer les stratégies de contrôle

Considérations pour les études de transmission ou d’attribution de source avec WGS

Plusieurs facteurs doivent être soigneusement pris en compte lors de l’analyse d’attribution de source utilisant les données WGS. La première concerne l’organisme d’intérêt lui-même. Les méthodes phylogénétiques dépendent naturellement d’une phylogénie robuste, construite en utilisant la diversité génétique entre des isolats de génomes très similaires. comme celles qui peuvent être attendues pendant une épidémie, il est difficile d’identifier de vraies relations phylogénétiques; Si des relations multiples entre isolats sont possibles, les techniques qui ne tiennent pas compte de cette incertitude peuvent fournir des inférences trompeuses. C’est là que des informations supplémentaires, telles que la date d’échantillonnage, peuvent être particulièrement utiles. À des fins diagnostiques, typiquement une seule colonie d’une bactérie isolée est sélectionnée pour des tests supplémentaires. Pour les infections aiguës qui ne présentent pas de composant de portage long ou asymptomatique, la diversité bactérienne intra-hôte devrait être relativement faible. comme Staphylococcus aureus ou Mycobacterium tuberculosis, où de longues périodes de latence ou de portage peuvent survenir, les individus peuvent être infectés par un «nuage de diversité», et les goulots d’étranglement qui correspondent à un événement de transmission peuvent rendre difficile cette transmission difficile à définir est une limite pour le nombre de SNP qui définit la même souche; Dans une étude qui a examiné des isolats de S aureus provenant d’un seul individu, un% des isolats ont été différenciés les uns des autres par ≤ SNP Cependant, l’humain dans cette étude qui était la source de l’infection prédominante du chien était co-colonisé avec des clades. de S aureus; ainsi, la caractérisation d’un seul isolat aurait seulement eu un% de chance d’identifier correctement cet individu comme source. Il est également important de considérer si une transmission a eu lieu avec une maladie NTS invasive en Afrique sub-saharienne, les patients connaissent généralement des récurrences multiples. ] En utilisant l’information phylogénétique dérivée du WGS, une étude a trouvé que% de ces récidives étaient dues à une recrudescence plutôt qu’à une réinfection , et que les patients immunodéprimés ont connu des événements de recrudescence. , car elle pourrait augmenter artificiellement le nombre estimé de transmissions. L’un des problèmes les plus critiques dans l’attribution des sources, quelle que soit la méthode de typage ou d’analyse employée, est celui de la sélection des échantillons. Si les réservoirs ou sources réels ne sont pas correctement échantillonnés, inférences incorrectes peuvent être tirées à plus petite échelle, clé i Les individus dans la chaîne de transmission peuvent ne pas être inclus dans l’échantillon – ces individus ont été appelés «matière noire épidémiologique» Cela peut être étendu à l’estimation de l’effet d’une «population fantôme», un réservoir pour lequel aucune donnée d’échantillonnage n’est disponible. L’impact de ces lacunes sur l’estimation des sources et des puits d’infection dépendra de l’échelle locale et récente ou de l’évolution de la bactérie, où l’échantillonnage ne devrait pas être aussi complet. Diverses méthodes d’estimation du nombre d’écarts La modélisation de la sensibilité des estimations de transmission inter-espèces à divers facteurs a suggéré qu’un échantillonnage limité, un échantillonnage déséquilibré, une introduction récente du pathogène et une faible diversité génétique peuvent potentiellement biaiser le système. estimations de cette transmission Enfin, il est important de se rappeler que toutes les techniques décrites ci-dessus Les seuls outils puissants pour identifier les voies de transmission lorsque de bonnes données épidémiologiques sont disponibles, y compris les caractéristiques spatiales, temporelles et hôtes. Les informations fournies par WGS sont donc complémentaires aux données épidémiologiques, plutôt qu’un remplacement pur et simple. Cependant, les données provenant de plusieurs études WGS peuvent être utilisées pour identifier des marqueurs pour l’association hôte , qui à leur tour pourraient être utilisés pour développer des tests rapides et moins chers. tests pour le déploiement en Afrique et dans des contextes similaires

CONCLUSIONS

Dans cet article, nous avons fourni des mises à jour sur d’autres revues de méthodes d’attribution de sources pour NTS Ce que nous avons ajouté à ces discussions est un examen approfondi de l’utilisation de WGS, et comment il peut et a été utilisé pour examiner NTS dans différents Populations hôtes Nous nous concentrons sur le SNRC en Afrique, où les sources et les modes de transmission ne sont pas bien caractérisés actuellement, et contrairement à l’extérieur de l’Afrique, la transmission interhumaine joue probablement un rôle important, en particulier pour Salmonella Typhimurium ST. Il est nécessaire de mener des enquêtes plus vastes et plus approfondies sur les populations animales et sur d’autres réservoirs potentiels, tels que l’environnement. Le choix de l’approche analytique dépendra des ressources et de la disponibilité de données de surveillance collectées de manière systématique sucre inverti. la maladie est endémique et il existe une surveillance robuste de plusieurs réservoirs potentiels, les modèles Hald ou AI utilisant des sérotypes ou des profils MLST seraient infor- Les résultats de ces analyses pourraient être utilisés pour éclairer les contrôles ciblés dans la chaîne alimentaire, si la transmission est principalement zoonotique, ou En outre, des études phylogénétiques structurées basées sur WGS pourraient également être utilisées pour déduire R dans différents hôtes, permettant une évaluation détaillée du suivi de l’efficacité du vaccin. Compte tenu du fardeau de santé publique du SNRC en Afrique et ailleurs, déterminer avec précision d’où vient la maladie et comment elle se propage est l’information essentielle pour décider où et quelles stratégies de contrôle pourraient être appliquées plus efficacement

Remarques

Soutien financier Ce travail a été soutenu par le numéro de subvention BB / M / à A E M du Conseil de recherche en biotechnologie et en sciences biologiques; le Centre Allan Wilson pour l’écologie moléculaire et l’évolution de l’appui à N P F; et le soutien de l’Université d’Auckland à T V V Cette publication a été rendue possible grâce à une subvention du Bill & amp; Numéro de subvention de la Fondation Melinda Gates Commandite de OPPSupplement Cet article a été publié dans le supplément “Invasive Salmonella Disease in Africa”, parrainé par l’Université d’Otago. Conflits d’intérêts Tous les auteurs ne signalent aucun conflit potentiel Tous les auteurs ont soumis le formulaire ICMJE pour la divulgation des conflits potentiels de Intérêts Les conflits que les éditeurs jugent pertinents pour le contenu du manuscrit ont été divulgués